生產凍干粉針劑的真空凍干機一定要在線滅菌，而不僅僅是消毒。
　　zui近幾年陸續有一些生產凍干粉針劑的企業通過了FDA認證，凍干機具有在線滅菌功能，并且批與批之間進行滅菌，這是一項zui基本的要求。GMP強調的都是“質量風險管理”，無庸置疑，對凍干機進行在線滅菌（而不僅僅是消毒）是通過GMP認證的zui基本條件。
　　無菌分裝及無菌凍干是zui常見的無菌生產工藝，相關的設備、包裝容器、塞子及其它物品應采用適當的方法進行滅菌，并防止被再次污染。
　　凍干機對凍干粉針劑生產過程中從藥液的除菌過濾到軋蓋完成，藥品在生產環境中暴露時間長達30-50小時，其中約30小時都在凍干機中，為了保證產品的無菌，因此需要把凍干箱（干燥箱、冷肼、相關管道）作為一個無菌空間來管理。
　　目前凍干機的在線滅菌方法有蒸汽滅菌、環氧乙烷滅菌、氣化雙氧水滅菌等方法。其作用均為對干燥箱、真空冷凝器、相關管道的內表面滅菌，創造一個適于藥品生產的無菌環境，避免冷凍干燥過程中對藥品造成微生物污染的風險。上述三種方法均為藥典推薦的滅菌方法，其中環氧乙烷由于高壓、易燃、易爆、有毒，已基本不在凍干機中應用。
　　蒸汽滅菌、氣化雙氧水滅菌都能確保zui終滅菌的物品微生物存活概率即無菌保證水平（SAL）不高于10-6。